카이두는 제2대 대칸 오고타이의 손자입니다. 원래 대칸 자리는 오고타이 가문이 이어받기로 되어 있었지만, 1251년 톨루이 가문의 몽케가 대칸이 되면서 그의 집안은 밀려났고 여러 왕족이 숙청되었습니다. 카이두는 이 일을 잊지 않았고, 자기 몫을 되찾겠다는 명분으로 평생을 싸웠습니다.
그는 중앙아시아의 목초지와 오아시스 도시들을 근거지로 삼았습니다. 1269년 탈라스에서 다른 왕족들과 만나 각자의 땅을 정하는 회의를 열었는데, 대칸의 대리인은 그 자리에 없었습니다. 대칸의 허락 없이 제국의 땅을 나눈 이 회의는 제국이 사실상 여러 나라로 갈라졌음을 보여 주는 장면으로 꼽힙니다.
카이두는 초원의 왕족이면서도 오아시스 도시를 함부로 약탈하지 못하게 막은 것으로 알려져 있습니다. 도시가 망가지면 세금도 사라진다는 것을 알았기 때문입니다. 그는 상인에게서 거둔 세금으로 군대를 먹였고, 1271년에는 바락의 아들 두아를 차가타이 칸국의 칸으로 앉혀 든든한 동맹을 얻었습니다. 이 둘의 결합이 30년 동안 원나라의 서쪽 진출을 막았습니다.
카이두가 살아 있는 동안 원은 서쪽으로 힘을 뻗지 못했습니다. 1301년 그는 두아와 함께 옛 수도 카라코룸을 노리고 진군했다가 원군과 크게 부딪혔고, 이 싸움에서 다친 뒤 곧 세상을 떠났습니다. 그가 죽자 두아는 원나라와 손을 잡고 그의 후계자들을 쳤고, 오고타이 가문의 나라는 얼마 지나지 않아 사라졌습니다. 그의 딸 쿠툴룬은 자신을 씨름으로 이기는 사람과만 혼인하겠다고 했고 끝내 아무도 이기지 못했다는 이야기가 전해집니다.