토곤 테무르는 열세 살에 황제가 되었습니다. 즉위 전에는 정쟁에 휘말려 고려의 대청도에 유배되기도 했는데, 이때의 경험 때문인지 고려 출신 인물들을 가까이 두었습니다. 그의 두 번째 황후 기황후는 고려에서 공녀로 온 사람으로, 뒷날 조정에서 큰 영향력을 행사했습니다.
재위 기간은 길었지만 편안하지 않았습니다. 승상 바얀과 톡토 같은 실권자들이 번갈아 조정을 쥐었고, 황하의 범람과 지폐 가치 폭락, 그리고 1351년의 홍건적의 난이 잇따랐습니다. 톡토가 반란 진압에 성과를 내던 중 정쟁으로 밀려나면서, 원은 반란을 꺾을 마지막 기회를 놓쳤다는 평가를 받습니다.
1368년 명의 북벌군이 대도로 다가오자 그는 성에서 버티는 대신 북문을 열고 초원으로 떠났습니다. 이 선택 덕분에 원 조정은 사라지지 않고 북원이라는 이름으로 이어질 수 있었습니다. 그는 2년 뒤 응창에서 세상을 떠났고, 명은 그가 순순히 물러났다 하여 순제라는 이름을 붙였습니다.